Chórus pre organ
Za začiatkom chrámovej lode je organová galéria, ktorá je umiestnená na menších pilieroch a iónových trojšvtrťových stĺpoch. Priestor pod galériou sa tromi arkádami otvára smerom k svätyni.
Na galérií môžeme nájsť sochy Johanna Meixnera: Hrajúci anjel, Svätá Cecília a kráľ Dávid (z 50-tych rokov 19. storočia).
Svätá Cecília, patrónka chrámovej hudby, panna a mučenica, zomrela okolo roku 230. Cirkev jej meno oslavuje 22. novembra. V doprovode hudobných nástrojov Cecília spievala Pánovi, hovoriac: „nech je moje srdce nepoškvrnené, aby som sa nezachvela v duchu“ Organom zvykli napodobniť zvuk hrajúcich anjelov. Franz Liszt zložil na jej počesť oratórium. V dôsledku jednej prekladovej chyby, podľa ktorej na svojej svadbe hrala ona sama na organ „jej srdce spieva aj uprostred svadobnej hostiny iba pre Pána“, sa stala patrónkou chrámovej hudby.
Kráľ Dávid bol vynikajúci básnik a hudobník. Viac ako polovica žalmov je pripísaná jemu. Dávid ako mladý chlapec hral na harfe tak nádherne, že ho odporučili kráľovi Saulovi, ktorý ho k sebe prijal. Keď Saulovo srdce ovládla úzkosť a nepokoj, Dávid k nemu prišiel, zahral mu na harfe upokojujúce melódie a kráľove srdce sa upokojilo. Dávidove skladby inšpirované Bohom sú vynikajúce v mnohých ohľadoch. Na organovom cimburí sú zoradení anjeli držiaci hudobné nástroje. Jeden zobrazuje obraz Franca Liszta (amatérska práca z 80-tych rokov 20. storočia, ako náhrada za hudobný nástroj).
Organ
Pôvodný organ Baziliky bol postavený v dielni Ludwiga Moosera,ktorý vyrobil viac ako sto organov. Prišiel do Ostrihomu 19. septembra 1854 a priniesol so sebou osem pomocníkov. Na druhý deň prišiel aj veľký náklad s časťami organu. Mooser z neho vyrobil svoje majstrovské dielo skladajúce sa z 49 registrov, 3530 píštal a 3 manuálových klávesníc, ktorým vysvätili Baziliku 31.augusta 1856.
Na tomto slávnostnom ceremoniáli, kde bol prítomný aj cisár František Jozef s viedenským dvorom, odznela aj Ostrihomská omša Franca Liszta. Arcibiskup Scitovsky si pri tjeto príležitosti objednal symfonický orchester, ktorý dirigoval Liszt piesne na organehral Alexander Winterberger.
Tretia manuálová klávesnica organu bola postavená vo vnútri mechanickej konštrukcie a mala úzke vertikálne žalúzie. Vo vnútri bol vstavaný rad píšťaľ, ktorý sa nazýval claveoline. Zvuk organu vyvolal dojem 19. storočia v Salzburgu, lebo práve odtiaľ si jeho staviteľ doniesol svoje poznatky. Organ spočiatku pomerne dobre slúžil, vyskytovali sa však problémy s prívodom vzduchu a mechanikou. Neskôr sa jeho stav zhoršil; počas Prvej svetovej vojny sa značne poškodil, písťaly priečelia zrekvirovali na vojnové účely. Podarilo sa ich nahradiť v roku 1924. Počas Druhej svetovej vojny sa organ Moosera silno poškodil, preto pri neho postavili menší organ, ktorý mal dve manuálové klávesnice.
Kanonik Dr. Lőrinc Bartl a organista Štefan Baróti (od roku 1975 organista a zbormajster Baziliky) spustili rekonštrukciu organu, ktorá trvá dodnes. Ich prvou úlohou bolo zachrániť časť Mooserovho diela, ktoré bolo viac ako tristo rokov pochované pod ruinami a zrekonštruovať ho. V sedemdesiatych rokoch bola rekonštrukcia hudobných nástrojov v Maďarsku takmer neznáma, a tak sa tejto práce napriek únave a nedostatku času chopil sám Štefan Baróti.
Znovu revitalizovaný, starobilý a majestátny rad píštal bol pre Štefana Barótiho východiskovým bodom na to, aby vytvoril nový návrh organu, ktorý sa v počte registrov veľmi dobre prispôsobil veľkosti Baziliky a jej akustickým podmienkam. Z toho vyplývala aj ďalšia úloha, ktorou bolo postavenie nového hudobného nástroja, ktorú začali Gyula Vági a Ján Farkas v rokoch 1978-79. K materiálnemu zabezpečeniu pomohli dobré vzťahy vtedajšieho arcibiskupa, kardinála Dr. Ladislava Lékaiho s Rumunskom a Nemeckom. Tak bolo možné získať niektoré konštrukčné prvky a rady píštal.
Ku koncu roka 1980 sa rozozvučilo prvých sedem Mooserových registrov, a zároveň vtedy 34 rokov fungujúci Riegerov organ navždy stíchol. Po prvotnom nadšení sa práce od roku 1983 spomalili. Hlavná časť organu sa skompletizovala až v roku 1986, ďalšie práce boli skromnejšie: v roku 1988/89 postavili tri, v roku 1994 štyri registre a v roku 1996 z 32 registrov Majorbass postavili 12 dolných píšťal. V roku 1999 zo 146 registrov, navrhnutých na 5 manuálových klávesníc, 39 fungovalo, pričom ešte niekoľko radov píšťal čakalo na zabudovanie. Po zmene režimu bolo kvôli rastúcej inflácií a ďalším nepriaznivým podmienkam budovanie organu obmedzené.
